タイトルの件、全く予想してなくて対応を迫られ焦ったので、同じ状況の方がいれば参考にしていただけますと幸いです。
【前提となる状況】
・30代会社員（妻子あり）
・2023年に初めてふるさと納税を使ってみた
・ワンストップ特例制度を使って確定申告せずに寄付金控除を受けようとしていた
・自治体にはワンストップ特例に関する書類を送付済みだった（おそらく2023年12月頃）
【発生した問題】
・妻が医療費控除のために確定申告をしていたため、ワンストップ特例が不適用の通知が来た（2024年5月）
【やったこと】
・税務署のホームページにアクセス
・「更生の請求書・修正申告書作成コーナー」から「所得税の更正の請求書・修正申告書」の作成に進む
・確定申告時の各種金額を入力（妻が確定申告した際に入力した情報を聞いてそのまま入力しました）
・「寄附金控除」の欄に（ふるさと納税の金額-2,000円分）の金額を追加
・書類をコンビニで印刷し最寄の税務署の窓口で提出
【税務署に提出した書類】
・令和5年分所得税及び復興特別所得税の更生の請求書
・ふるさと納税の寄付金受領証明書（コピー可）
【そのほか税務署に確認したこと】
・書類提出の際は事前予約不要（自分が住んでいる地域の場合）
・本人確認書類（運転免許証とマイナンバーの通知書）
【窓口でやったこと】
・本人確認、作成書類の確認及び提出
窓口での対応は10分かからないくらいだったかと思います。
（マイナンバーカードの取得と電子申請を強く推奨されました…）
「何か不備があったら連絡します」と言われ一ヶ月以上経つので問題なかったのかと思います。
今年のふるさと納税ではこの件気をつけたいと思いました。現場からは以上です。
